L’article L.371-3 du code de l’environnement définit le Comité de l’eau et de la biodiversité comme une instance d’information, d’échange et de consultation sur l’ensemble des sujets liés à la biodiversité terrestre, littorale ou marine, notamment en matière de continuités écologiques. Il peut être consulté sur tout sujet susceptible d’avoir un effet notable sur la biodiversité. A noter qu’il est également associé à l’élaboration et au suivi de la stratégie régionale de la biodiversité.
Le Comité de l’eau et de la biodiversité assure par ailleurs le rôle et les missions du Comité de Bassin, définis par le code de l’environnement. Il a ainsi un rôle majeur pour ce qui concerne les orientations de la politique de l’eau au niveau du bassin. Il est notamment responsable de la rédaction du Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux et du Programme de Mesures associé. Il propose les taux des redevances sur les usages de l’eau perçues par l’Office de l’Eau auquel il confie la programmation et le financement d’actions et de travaux pour lesquels l’office de l’eau arrête un programme pluriannuel d’intervention.