La commission milieux aquatiques a été mise en place en 2023 par élargissement du périmètre de la commission "amphihalins" mise en place en 2018.

Elle dispose d’un mandat validé par le bureau du CEB le 2 février 2023, ainsi que d’un plan d’actions pour les années 2023-2024, validé en commission le 10 mai 2023.